Ki maakt ook de blitz bij Nobelprijs scheikunde

RoseTTAFold

Niet alleen de structuur van de eiwitten is belangrijk maar ook de wisselwerking met andere biomoleculen (afb: github.com/baker-laboratory)

De Nobelprijs voor natuurkunde werd dit jaar toegekend aan twee pioniers op het gebied van kunstmatige intelligentie. Die voor scheikunde gaat naar de grondleggers van ki-systemen die de vorm van eiwitten voorspellen, een belangrijk gegeven voor de werking van de ‘werkpaarden’ van het leven. John Jumper en Demis Hassabis van Google Deepmind (AlphaFold) delen de helft van de prijs, de andere helft gaat naar de Amerikaan David Baker van de universiteit van (de staat) Washington in Seattle. Lees verder

Eiwitstructuurvoorspeller AlphaFold kan dat nu ook met niet-eiwitten

eiwitstructuur

De structuur van eiwitten zegt veel over zijn functionaliteit

De vorm van een eiwit zegt veel over waar dat voor dient. Tot niet zo heel lang geleden moest die vorm vaak met veel moeite worden achterhaald, tot Google in 2019 met AlphaFold op de proppen kwam. Dat schijnt het eiwitonder-zoek, in combi-natie met kunst-matige intelligentie, een heel eind op weg gebracht te hebben. Nu kan AlphaFold ook de structuur (en daarmee wisselwerking met andere verbindingen) voorspellen van andere biomoleculen dan eiwitten. Lees verder

Met MRI haarscherp moleculen te zien

diamantsensor voor nano-MRI

Het principe van de diamantsensor is ontwikkeld bij het MIT in Cambridge (VS). Rood is het stikstofatoom in het koolstofrooster van een diamant, met daarnaast een ‘gat’ in het rooster. (foto: MIT)

Kernmagne-tische resonantie (in de medische toepassing bekend onder de afkorting MRI) heeft zich ontwikkeld tot veel toegepaste beeldtechniek. Probleem met MRI was altijd het, in vergelijking met röntgentech-nieken, relatief lage oplossende vermogen (tienden van millimeters). Onderzoekers van de technische hogeschool in het Zwitserse Zürich (ETHZ) en van de universiteit van Leipzig (Polen) hebben die resolutie sterk verbeterd. Ze bleken in staat een enkel waterstofkern te detecteren. Overigens is het niet de bedoeling met deze nano-MRI-techniek om ook plaatjes te maken van hele menselijke lichamen. Een enkel molecuul is al mooi genoeg. Lees verder

Structuur van eiwit in levende cel bepaald

Röntgendiffractie

Met röntgendiffractie is een ‘foto’ van een molecuulstructuur te maken (afb: SLAC)

Het schijnt dat dit jaar door de VN is uitgeroepen tot jaar van de kristallografie. Daar wil ik het nu niet over hebben. Wel over het blote feit dat röntgendiffractie een veelgebruikte techniek is om de (kristal)structuur van eiwitten te bepalen. Die structuur is wezenlijk, want verkeerd gevouwen eiwittenzijn verantwoordelijk voor ernstige ziektes als die van Parkinson of Alzheimer. Dat diffractieonderzoek gebeurt aan geïsoleerde, gekristalliseerde eiwitten. Nauwelijks levensecht. Het is onderzoekers nu voor het eerst gelukt met een nieuwe diffractietechniek de structuur van eiwitten te bepalen met röntgendiffractie in levende cellen.   Lees verder