Biologische supercomputers gevoed door biomolecuul (?)

Biocomputer aangedreven door ATP

Stukjes eiwit (rood) in de kanalen van de biochip (afb: McGill-universiteit)

Adenosinetrifosfaat (ATP), het molecuul dat cellen voorziet van energie, zou wel eens de ‘voedingsbodem’ voor (super)-biocomputers kunnen worden denken onderzoekers van de Canadese McGill-universiteit. Ze beschreven in het blad PNAS een model van een biologische parallelle supercomputer. Die biocomputer kan dan ook nog eens een stuk kleiner zijn dan een van kiezel. Lees verder

Bacteriedodend eiwit mogelijk heilzaam bij suikerziekte

Alvleeskliercellen. CAMP (groen) en inuline (rood) worden in dezelfde cellen aangemaakt (geel is een overlap van beide, blauw DNA) (afb: univ. van Ottawa)

Alvleeskliercellen. CAMP (rood) en inuline (groen) worden in dezelfde cellen aangemaakt (geel is een overlap van beide, blauw DNA) (afb: univ. van Ottawa)

Waarom zou een bacteriedodend eiwit, dat, normaal gesproken, geen nut heeft in delen van het lichaam die niet met bacteriën te maken hebben, zoals de alvleesklier, daar voorkomen, vroegen onderzoekers van de universiteit van Ottawa zich af. Het bleek hun dat dat eiwit de alvleesklier helpt bij de insulineproductie. Een opmerkelijk resultaat dat soelaas zou kunnen bieden aan de rond 400 miljoen aardbewoners met suikerziekte type 1. Lees verder

Geheim van ‘poortwachter’ kernmembraan deels opgelost

kernporiecomplex, de poortwachter van de celkern

De binnenring van het kernporiecomplex (NPC) zoals die is voorgesteld door de Caltech-groep. CNC staat voor kanaalnucleoporinecomplex. CNT is de barrière die onwelkome gasten buitenslsuit.

Het DNA in de celkern wordt goed bewaakt. Om die kern zit een stevig dubbelmembraan en bepaalt een ‘poortwachter’ wie of beter wat de kern in of uit mag via die membraanporiën. Die poortwachter wordt kernporiecomplex (NPC in Engelse afko) genoemd, een eiwitcomplex dat in het kernmembraan ‘zetelt’. Onderzoekers van het technologisch instituut  van Californië (Caltech) hebben nu een deel van het mysterie van de poortwachter opgelost door de structuur van het centrale deel van NPC te bepalen. Daarmee kan een verklaring gezocht worden hoe de poortwachter het flikt de juiste moleculen in en uit de kern te laten gaan. Miskleunen van de poortwachter kunnen leiden tot allerlei ziektes, zoals agressieve vormen van bloedkanker (leukemie). Lees verder

Eiwitlego voor biomoleculen

Biolego van gouddeeltjes en eiwitten

Biolego met gouddeeltjes en eiwtten (afb: univ.v.Freiburg)

Duitse onderzoekers hebben een soort legosysteem in elkaar geknutseld om met goud en eiwitten biomoleculen te construeren voor specifieke taken, aangeduid met het letterwoord PABNOA. Daarmee zijn gouddeeltjes en, ringvormige, eiwitten samen te bouwen tot structuren, waarbij de afstanden tussen de verschillende onderdelen nauwkeurig is vast te leggen. Het is de onderzoekers vooral te doen om plasmonische en optische toepassingen. Ook biomaterialen met magnetische eigenschappen zijn er mee te maken. Plasmonica is het vakgebied waarin de wisselwerking tussen elektromagnetische velden en (vrije) elektronen in metaal wordt bestudeerd.
Lees verder

Een ei ontkoken

Eiwitontwarder

De eiwitontwarder van Colin Raston

Een ei ontkoken, zodat het zich weer omvormt tot de keurige gevouwen eiwitten? Het schijnt te kunnen. Is dat dan ook weer dik vloeibaar als het oorspronkelijke ongekookte ei? Wie zal het zeggen. De onderzoekers van het procédé van de universiteit van Californië in Irvine hebben nog niet een heel ei ontkookt. De truc is een rotatieproces waarmee de eiwitten ontward worden, zoals in een gekookt ei, in de hoop dat ze weer tot hun oorspronkelijke vouwing zullen terugkeren. Dat rotatieproces werd in 2013 gepresenteerd door de Australiër Colin Raston, die daarbij aan andere chemische toepassingen dacht. Raston was ook betrokken bij dit onderzoek. Het proces, in feite een scheve centrifuge, zou goede diensten kunnen bewijzen bij het ontwarren van eiwitten die genetische veranderde micro-organismen vaak produceren, maar ook de term ‘kanker’ valt weer. Lees verder

Google werkt aan een ‘diagnosepil’

diagnosepil

De kleine nanodeeltjes hechten zich via antilichamen aan de verdachte cel (blauw), waarna de externe sensor de verandering in het magneetveld constateert (derde plaatje) (afb: Google)

Hoe is het zo gekomen? Google begon nog maar zo’n 15 jaar geleden als zoekmachine, maar dringt zich zo langzamerhand in steeds meer hoeken en gaten van ons dagelijkse leven. Android, Googles besturingssysteem voor slimtels, is een succes en sinds een aantal jaren blijkt de zoekreus ook belangstelling te hebben voor de gezondheidskant van ons leven. Het moet allemaal een relatie hebben (tele)communicatie en het wereldwijde web en dat heeft de diagnosepil. Die ‘pil’, of eigenlijk zijn het piepkleine magneetdeeltjes bedekt met antilichamen, gaat in jouw bloedbaan op zoek naar kwaadaardige cellen en slaat dan alarm. Dat is tenminste de bedoeling. De ontwikkeling is overigens nog in een vroeg stadium. Lees verder

Eigen eiwit lijkt Alzheimer op zijn minst te remmen

AlzheimercellenHet lijkt er op dat het, eigen, eiwit progranuline een positieve rol speelt bij het voorkomen van de ziekte van Alzheimer. Het eiwit lijkt bij muizen de vorming van amyloïde-beta-plaques, kenmerkend voor die ziekte, en het afsterven van hersencellen tegen te gaan.
Lees verder

Nou is het het leven weer in klei begonnen…

Kleileven

Schematische voorstelling van de eiwitproductie in een (klei)hydrogel (afb.: Nature-artikel)

Hebben we net een paleontoloog (fossieldeskundige) gehad die zeker weet hoe het leven op aarde een aanvang nam, nu moeten we die mededeling weer met een korrel zout nemen, (b)lijkt. Onderzoekers van de Amerikaanse Cornell-universiteit beweren dat het leven begonnen is in klei. Ze hebben hun stelling proberen te onderbouwen door in klei met behulp van DNA en aminozuren eiwitten te produceren. Hypothese nummer zoveel (met wat onderbouwing, dat wel). Lees verder

3d-structuur eiwit met synchotron ‘bekeken’

Onderzoekers van het Instituut voor biotechnologie en biomedicijnen van de autonome universiteit van Barcelona hebben, in samenwerking met enkele andere Spaanse onderzoeksinstellingen, de ruimtelijke structuur van eiwitten opgehelderd met behulp van een synchotron (de Alba). Het ging om het eiwitpaar LC8-NeK9, dat een rol speelt bij het bundelen en scheiden van chromosomen tijdens de celdeling. Het zou voor het eerst zijn dat de ruimtelijke structuur van eiwitten zou zijn bepaald met behulp van een synchotron (preciezer gezegd met de XALOC-bundel van de Alba). De onderzoekers zouden met het driedimensionale beeld van de eiwitten nieuwe inzichten hebben verworven in het mechanisme van de eiwitbinding en daarmee van de juiste sturing van de celdeling en andere celprocessen. Dat soort kennis zou van pas kunnen komen bij therapieën voor ziektes waar celdeling een rol speelt, zoals kanker. De ruimtelijke structuur van een eiwit (4gdf)
In zijn algemeenheid is het ophelderen van de ruimtelijke structuur van eiwitten belangrijk om inzicht te verkrijgen in de werking van deze voor het leven onontbeerlijke groep chemische verbindingen. Eiwitstructuren worden meestal bepaald aan de hand van eiwitkristallen, maar lang niet alle eiwitten laten zich (makkelijk) kristalliseren. Van vele eiwitten is de driedimensionale structuur nog steeds niet bekend.
Bron: Alpha Galileo