Tag archieven: RNA

Eiwitstructuurvoorspeller AlphaFold kan dat nu ook met niet-eiwitten

Geplaatst op door
Beantwoorden
eiwitstructuur

De structuur van eiwitten zegt veel over zijn functionaliteit

De vorm van een eiwit zegt veel over waar dat voor dient. Tot niet zo heel lang geleden moest die vorm vaak met veel moeite worden achterhaald, tot Google in 2019 met AlphaFold op de proppen kwam. Dat schijnt het eiwitonder-zoek, in combi-natie met kunst-matige intelligentie, een heel eind op weg gebracht te hebben. Nu kan AlphaFold ook de structuur (en daarmee wisselwerking met andere verbindingen) voorspellen van andere biomoleculen dan eiwitten. Lees verder →

Gouden DNA-spons vist de ziekteverwekkers er uit

Geplaatst op door
Beantwoorden

Gouden DNA-zeef

De poriën van de gouden DNA-spons/zeef zijn zo klein dat, bijvoorbeeld, eiwitten er niet doorheen kunnen, maar de dradige stukjes DNA wel (afb: Analytical Chemistry)

Met een nanoporeuze ‘spons’ van goud zouden ziekteverwekkers in planten en hoger organismen (zoals de mens) kunnen worden opgespoord, denken onderzoekers van de universiteit van Californië in Davis. Daarmee zouden ze kernzuren (DNA en RNA) kunnen isoleren in een mengsel van biomoleculen. Dat zou het aanzienlijk makkelijker maken erfmateriaal van ziekteverwekkers te isoleren uit  monsters van serum, bloed of plantenvocht. Lees verder →

Verstopte celkernporiën mogelijk oorzaak hersenziektes

Geplaatst op door
Beantwoorden
kernmembraan zenuwcel fruitvliegje met ALS

Het kernmembraan van een normale hersencel van een fruitvliegje (links) en van een fruitvliegje met ALS. Duidelijk zijn de samenklonteringen van porie-eiwitten te zien. De groene stip is een opeenhoping van een andere eiwit: poly(GP), een belangrijk kenmerk van de ziekte (foto: Yubing Lu van de universiteit van Massachusetts)

NRC-journalist Pieter Steinz heeft amyotrofe laterale sclerose net als zijn veel beroemdere ziektegenoot Stephen Hawking, die alleen nog maar met de wereld kan praten via oogbewegingen en de computer. Die zenuwziekte verwoest motorneuronen in hersens en ruggenmerg, maar hoe dat gebeurt is tot nu toe een mysterie. Recent onderzoek lijkt nu enig zicht te geven over het mechanisme van de ziekte, waar in Nederland zo’n 1000 mensen lijden. Het lijkt er op dat de poriën in het membraan rond de celkern verstopt raken, waardoor belangrijke moleculen dat niet meer kunnen passeren en er in de cel een dodelijke verkeersopstopping plaatsvindt.  Lees verder →

Spellen en weblabs in de strijd tegen fraude en fouten

Geplaatst op door
Beantwoorden
EteRNA: spelen met RNA

Spelen met RNA, de gang van het ontwerpproces in EteRNA (afb: PNAS)

Volgens Adrien Treuille van de Carnegie Mellon-universiteit en Rhiju Das van de Stanford-universiteit (beide in de VS), kunnen massale  ‘weblabs’ met behulp van video-spellen fouten en fraude in de bioweten-schappen of zelfs de hele wetenschap zo veel mogelijk uitbannen. Aan die weblabs zouden dan vele niet-professionele onderzoekers kunnen deelnemen. Volgens het tweetal is die spelachtige benadering wetenschappelijk deugdelijker dat de gebruikelijke praktijk in de wetenschappen waarbij er eerst een mogelijke verklaring voor een verschijnsel wordt geopperd, waarna wetenschapper die hypothese proefondervindelijk probeert te bewijzen. Ze publiceerden hun bevindingen op de webpagina’s van het blad Trends in Biochemical Sciences (waar ik het niet kan vinden). Eerder dit jaar schreven ze een soortgelijk artikel over hun RNA-massaproject EteRNA. Lees verder →

Nou is het het leven weer in klei begonnen…

Geplaatst op door
Beantwoorden
Kleileven

Schematische voorstelling van de eiwitproductie in een (klei)hydrogel (afb.: Nature-artikel)

Hebben we net een paleontoloog (fossieldeskundige) gehad die zeker weet hoe het leven op aarde een aanvang nam, nu moeten we die mededeling weer met een korrel zout nemen, (b)lijkt. Onderzoekers van de Amerikaanse Cornell-universiteit beweren dat het leven begonnen is in klei. Ze hebben hun stelling proberen te onderbouwen door in klei met behulp van DNA en aminozuren eiwitten te produceren. Hypothese nummer zoveel (met wat onderbouwing, dat wel). Lees verder →